Bustanul Musthafa menyediakan tempat belajar dan mengaji di pagi hari, dengan waktu mengaji di pagi hari memudahkan bagi para santri yang bersekolah di siang harinya, dari pukul 8.00 – 10.30 setiap senin – jum’at. Mengingat kebutuhan santri untuk selalu harus mengaji demi menjadi soorang muslim sejati yang paham agama serta mendakwahkannya, maka tidak ada alasan lagi tidak sempat mengaji atau menuntut ilmu agama.